Jerzy Kowalik urodził się 15 października 1961 roku w Krakowie. Grał w Wiśle Kraków, ale tam nie mógł przebić się do podstawowego składu zespołu. W 1980 roku wywalczył Wicemistrzostwo Europy z reprezentacją U18.
W 1983 roku Kowalik postanowił przenieść się do Szombierek Bytom, gdzie zagrzał miejsce tylko sezon, bowiem już w roku 1984 trafił pod Chełmiec do wałbrzyskiego Górnika. W barwach biało-niebieskich Kowalik występował przez trzy sezony. Zagrał w tym okresie na ekstraklasowych boiskach dla Górnika 79 meczów, w których strzelił 10 goli.
W 1987 roku wrócił do rodzinnego Krakowa i do miejscowego Hutnika. Z Hutnikiem grał kilka sezonów w ekstraklasie. Zaliczył też krótki epizod w norweskim Tromsoe. W polskiej najwyższej klasie rozgrywkowej Kowalik zaliczył 299 meczów, w których strzelił 23 gole.
